Op de ATM zijn de vakken die met elkaar te maken hebben, geïntegreerd in zogenaamde leergebieden, bijvoorbeeld Mens & Maatschappij, Mens & Natuur en Kunst & Cultuur. Hierdoor ontstaat meer samenhang tussen de verschillende vakken van hetzelfde gebied en kunnen leerlingen makkelijker informatie koppelen. Nederlands, Engels, Spaans en wiskunde worden daarnaast als vak gegeven.

Met name in de onderbouw wordt een groot deel van het lesprogramma in projecten aangeboden. Binnen de projecten is er veel aandacht voor het verwerven van vaardigheden zoals samenwerken, presenteren, plannen en reflecteren. Leerlingen krijgen op deze manier ook de kans meerdere talenten te ontwikkelen. Verwerkingsvormen zoals films maken, programma's ontwikkelen en tentoonstellingen organiseren komen geregeld aan bod.