Bij Alberdingk Thijm Scholen is de wettelijk verplichte medezeggenschap geregeld in een Institutionele Medezeggenschapsraad (IMR); hierin wordt personeelsleden, ouders en leerlingen een advies- dan wel instemmingsrecht gegeven aangaande instituuts- brede zaken.

De Alberdingk Thijm Mavo kent een deelraad (DMR) waar­in de vestigingspecifieke zaken, zoals het beleid van de school, de onderwijskundige visie en onderwijskundige keuzes van de school worden besproken.